Современные методы и возможности секвенирования следующего поколения (NGS) для типирования системы HLA

Резюме

Область генома, кодирующая лейкоциты антигенов человека (HLA) – это сегмент длиной 3,6 миллиона пар оснований на хромосоме 6(p21). Сложная по антигенному составу система HLA содержит важные молекулы, участвующие в трансплантационном иммунитете. Специфические генные последовательности генов HLA довольно сложно расшифровать с помощью классических методов прямого секвенирования в связи с их техническими ограничениями, сложным составом генов HLA, и возрастающим числом новых аллелей, что требует новых методов генотипирования. Секвенирование следуюшего поколения (NGS) является методом, который может обеспечить полное решение проблемы HLA-типирования. За последнее десятилетие разработка NGS обеспечила более легкий способ полногеномного анализа у человека, в том числе для типирования генов HLA. Несколько вариантов высокопроизводительных методов оценки HLA, основанные на мультиплексных аналитических технологиях NGS были разработаны на основе различных технологических платформ. В этом обзоре мы обсуждаем возможные области применения и прогресс в оборудовании для NGS в плане глубокого типирования системы HLA, с особым вниманием к будущим аспектам его клинического использования. Общеизвестный полиморфизм генов HLA и минимальные межаллельные различия представляют собой особую проблему. Поэтому некоторые вопросы, связанные с биоинформатикой и углубленной обработкой данных для более эффективного анализа HLA в контексте оценки совместимости донора и реципиента. В этом плане различными производителями предложены специализированные компьютерные программы для анализа больших баз данных, получаемых посредством технологий NGS. Наконец, эти высокопроизводительные подходы позволяют минимизировать финансовые затраты на 1 образец, особенно в крупных HLA-лабораториях, где соответствующие расходы на NGS-исследования стали теперь значительно затрат, возникающих при использовании классических технологий секвенирования по Сэнгеру.

Ключевые слова

аллогенная трансплантация гемопоэтических стволовых клеток, hla-типирование, Секвенирование следуюшего поколения (ngs), технологические решения