Bacteroides fragilis – потенциальный маркер эффективной трансплантации микробиоты при лечении острой реакции «трансплантат против хозяина»
Олег В. Голощапов1, Евгений А. Бакин1, Максим А. Кучер1, Оксана В. Станевич1, Мария А. Суворова2, Владимир В. Гостев3, Олег С. Глотов4, Юрий А. Эйсмонт4, Дмитрий Е. Полев5, Анастасия Ю. Лобенская5, Руслана В. Клементьева1, Мария О. Голощапова1, Людмила С. Зубаровская1, Сергей В. Сидоренко3, Александр Н. Суворов4, Иван С. Моисеев1, Алексей Б. Чухловин1
1 НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р. М. Горбачевой, Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова, Санкт-Петербург, Россия
2 Научная лаборатория Эксплана, Санкт-Петербург, Россия
3 Детский научно-клинический центр инфекционных болезней, Санкт-Петербург, Россия
4 Городская больница №40, Санкт-Петербург, Россия
5 ООО «Сербалаб», Санкт-Петербург, Россия
6 Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, Россия
Одобрено 26 Июня 2020
Резюме
Показания, технология, методы контроля динамики и приживления микробиоты при трансплантации фекальной микробиоты (ТФМ), нуждаются в стандартизации. Целью работы было сравнение возможностей и результатов полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР) и методики 16S-секвенирования для контроля динамики состава фекальной микробиоты у пациентов после ТФМ.
Пациенты и методы
В проспективное, одноцентровое исследование включено 27 пациентов с острой и хронической (overlap-синдром) реакцией «трансплантат против хозяина» (РТПХ) желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (алло-ТГСК). У 19 пациентов проводили ТФМ, преимущественно, с ингестией капсул. В контрольную группу вошли 8 пациентов, получавшие плацебо. Количественные изменения бактериального состава микроорганизмов фекальной микробиоты оценивали методом ПЦР и 16S-секвенирования в сроки от 3 до 120 сут. после ТФМ. Клинический ответ определяли по 4 шкалам оценки кишечного синдрома и РТПХ.
Результаты
При оценке консистенции стула по Бристольской шкале, как показателя эффективности терапии РТПХ, полный клинический ответ к Д+120 после ФМТ отмечен в 9 случаях (47% с оценкой Бристоля ≤4 баллов), у 9 пациентов (47%) – улучшение консистенции стула (>4 балла). В группе плацебо полный или частичный ответ был выявлен, соответственно, у 1 (13%) и 4 (50%) пациентов. Мультиплексная ПЦР фекальной микробиоты в режиме реального времени показала различную динамику у пациентов после ТФМ или плацебо, по сравнению с исходными уровнями до ТФМ. Общая бактериальная масса и число генокопий отдельных микробных видов значительно повышались после ТФМ. Такие изменения были особенно показательными через 30 сут. для общей микробной массы (p=0,002); Escherichia coli (p=0,001); Bacteroides fragilis group (p=0,05); Faecalibacterium prausnitzii (p=0,005). В то же время количества Lactobacillus spp. и Bacteroides thetaiotaomicron, в целом, не изменялись на протяжении этого периода. Кроме того, в контрольной группе не выявлено существенных изменений фекальной микробиоты против исходных уровней в течение всего периода наблюдений. Также обнаружены некоторые различия в динамике микробиоты для подгрупп с полным ответом, частичным/отсутствием ответа: Bifidobacterium spp. (р<0,047), E.coli (р<0,00047), B.fragilis group (p=5,6×10-5), F.prausnitzii (р<0,0062).
Выводы
Полуколичественная ПЦР основных бактериальных групп кишечной микробиоты, в т.ч. Bifidobacterium spp., Escherichia coli, B.fragilis group, F.prausnitzii может использоваться как микробиологический показатель оценки микробного ландшафта после ФМТ в качестве рутинной молекулярно-биологической методики. Число генокопий B.fragilis group коррелирует с клиническим ответом у пациентов с кишечной формой РТПХ после алло-ТГСК после процедуры ТФМ.
Ключевые слова
Реакция «трансплантат против хозяина», фекальная микробиота, трансплантация, Bacteroides fragilis, полимеразная цепная реакция, мультиплексная, секвенирование следующего поколения, ген 16S рРНК.
Одобрено 26 Июня 2020