Сравнительный анализ методов секвенирования NGS и по Сэнгеру при HLA-типировании в российской университетской клинике
2 Институт трансляционной биомедицины, Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия
3 НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р. М. Горбачевой, Первый Санкт-Петербургский
государственный медицинский университет, Санкт-Петербург, Россия
Резюме
База данных Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) Комитета по номенклатуре факторов системы HLA (база данных IPD-IMGT/HLA) на сентябрь 2018 г. содержала информацию о нуклеотидных последовательностях 20272 различных аллелей HLA, из которых 14800 были аллелями HLA класса I, а 5288 – класса II.
На протяжении последних 20 лет при секвенировании генома человека, животных, бактерий и вирусов преобладает автоматизированная технология Сэнгера. Однако необходимость более быстрого скрининга генома стимулировало развитие новых технологий мультиплексного секвенирования ДНК. Эти современные методы обозначаются как подходы следующего поколения (Next-Generation Sequencing, NGS).
Целью нашего исследования было сравнение двух этих методов и оценка их эффективности. Чтобы достичь этой цели, мы выбрали группу из 35 образцов ДНК, в основном – потенциальных доноров гемопоэтических клеток, и провели сравнительный анализ по Сэнгеру и методом NGS. Метод NGS позволяет выявлять редкие или новые варианты аллелей. Этот подход подтвержден в качестве более чувствительного и более экономичного, особенно в больших лабораториях по HLA-типированию.
Ключевые слова
Главный комплекс гистосовместимости, новые аллели HLA, технологические решения, секвенирование следующего поколения, NGS, секвенирование по Сэнгеру, трансплантация гемопоэтических клеток, типирование по сиквенсам ДНК.