GC-10. Биоинформатический анализ онкогена RAD54L для выявления влияния на возникновение гемопоэтических стволовых нарушений
Богдан О. Щеглов
Школа медицины, Дальневосточный федеральный университет, Владивосток, Россия
Резюме
В ряде исследований была продемонстрирована АТФ-зависимая активность гемопоэтических стволовых клеток из иммуноочищенного меченого маркера элюата RecQL1 на примере человеческого гена RAD54L. Также в браузере генома UCSC представлено множество публикаций, связанных с мутантной активностью гена, что указывает на биомедицинский потенциал изучения этого гена.
Материалы и методы
Данные были собраны и сохранены в геномном браузере UCSC. Для рассматриваемого гена большинство совпадений с мРНК человека были обнаружены в базах данных NCBI RefSeq, UCSC и GENCODE. Соотношение большинства интронов и экзон (только исходные имеют разную длину), их длина соответствует мРНК человека и аннотации экспрессированному тэгу последовательности (EST) человека. При рассмотрении гена RAD54L с различными аннотациями в RefSeq невозможно дать точную оценку сравнения с экспериментальными и прогнозируемыми РНК с концом PolyA (таких РНК нет). Согласно гену RAD54L, при секвенировании в клеточной культуре K562 PolyA+ преобладает множество псевдогенов. Большая часть транскрипта находится в цитозоле и нуклеосоме. Уровень экспрессии для CAGE в большей степени наблюдается в нуклеосоме и цитозоле.
Результаты
Результаты показали, что этот ген в аннотациях был достаточно точно рассчитан и интерпретирован. Для гена RAD54L наблюдается большое количество пептидов, высокий уровень рибосомных сигналов профилирования, которые совпадают со структурой экзона гена, поэтому он является геном, кодирующим белок. По данным базы данных COSMIC, были выявлены множественные мутации, которые соответствуют всем экзонам гена при заболеваниях гемопоэза, эндометрия и опухолей легких. Аденокарцинома, толстая кишка, соматика, лимфома, неходжкинский рак, рак молочной железы, патологии стволовых клеток были обнаружены в базе данных OMIM.
Заключение
Исходя из полученных результатов, можно утверждать, что данный ген RAD54L кодирует белок, который является важным звеном во многих физиологических, функциональных и патологических процессах в организме человека. Мутационная активность этого гена с высокой вероятностью приводит к развитию патологий различного генеза: анализ показал влияние на онкогенный процесс, развитие соматических заболеваний. Он играет большую роль в развитии наследственных заболеваний. Более того, имеется достаточное количество публикаций по исследованиям рассматриваемого гена, что указывает на возможные перспективные исследования биомедицины в части профилактики и лечения соматических и онкогенных заболеваний человека.
Ключевые слова
Биоинформатический анализ, гемопоэтические стволовые клетки, ген RAD54L.